美國總統布殊上週訪華前在日本京都發表講話，呼籲中國給予人民更多宗教自由，並將台灣作爲華人社會民主自由的樣板；同時，數十名中國家庭領袖、民間維權人士及自由作家被中國當局監控、軟禁或遣送。談到宗教自由問題，陳水扁向陶然表示，他對中國長期迫害宗教，逮捕、拘禁傳教士和信徒而感到遺憾。
陶然則説，他相信每個社會都應該對宗教抱持著寬大、瞭解及愛護之心，因爲宗教能使社會和諧、讓人間充滿關懷愛心。他又提到自己此行參觀了很多蓬勃發展的天主教機構，對台灣天主教會深入民間，在教育、人文、文化、弱勢團體關顧等方面都有貢獻，他表示欣慰。
而在最近傳聞不斷的梵蒂岡準備與台灣斷交、與中國建交一事上，陳水扁表示，台灣社會充滿活力，享有充分宗教自由，教廷也多次表示台灣是中國教會與梵蒂岡之間的橋樑，透過台灣，中國天主教會可以瞭解到梵諦岡教會並未遺棄他們，他對此表示敬佩。
陶然此次訪台前後爲期一週。雖然教廷已屢次表示準備好隨時與中國建交，屆時將把在台北的使館遷往北京，但陶然此次到訪則表示教廷會以一種「恰當的方式」與台灣維持關係。
梵蒂岡方面今年9月邀請了4名中國主教參加在10月2日舉行的全球主教會議，4名主教中3人來自官方教會，1人來自地下教會。但中國天主教愛國會和宗教局拒絕了這項邀請，4名主教最終無一赴會。有天主教新聞機構報道説，梵蒂岡感到他們付出的誠意受到了傷害。
