美国总统布殊上周访华前在日本京都发表讲话，呼吁中国给予人民更多宗教自由，并将台湾作爲华人社会民主自由的样板；同时，数十名中国家庭领袖、民间维权人士及自由作家被中国当局监控、软禁或遣送。谈到宗教自由问题，陈水扁向陶然表示，他对中国长期迫害宗教，逮捕、拘禁传教士和信徒而感到遗憾。
陶然则说，他相信每个社会都应该对宗教抱持著宽大、了解及爱护之心，因爲宗教能使社会和谐、让人间充满关怀爱心。他又提到自己此行参观了很多蓬勃发展的天主教机构，对台湾天主教会深入民间，在教育、人文、文化、弱势团体关顾等方面都有贡献，他表示欣慰。
而在最近传闻不断的梵蒂冈准备与台湾断交、与中国建交一事上，陈水扁表示，台湾社会充满活力，享有充分宗教自由，教廷也多次表示台湾是中国教会与梵蒂冈之间的桥梁，透过台湾，中国天主教会可以了解到梵谛冈教会并未遗弃他们，他对此表示敬佩。
陶然此次访台前后爲期一周。虽然教廷已屡次表示准备好随时与中国建交，届时将把在台北的使馆迁往北京，但陶然此次到访则表示教廷会以一种"恰当的方式"与台湾维持关系。
梵蒂冈方面今年9月邀请了4名中国主教参加在10月2日举行的全球主教会议，4名主教中3人来自官方教会，1人来自地下教会。但中国天主教爱国会和宗教局拒绝了这项邀请，4名主教最终无一赴会。有天主教新闻机构报道说，梵蒂冈感到他们付出的诚意受到了伤害。
