不少信仰傳統的牧者批評「挪亞方舟」的劇本創作過於「顛覆性」，與聖經無法相提並論。他們還指好萊塢的基督教熱背後的動機不言而喻，只是以聖經為嘘头從基督徒的口袋撈金。
面對批評，「挪亞方舟」的聖經顧問斯諾頓曾為影片辯護説，雖然影片和原著有些差距，但並非一無是處，他還表示製作方認真聽取自己的建議，使影片包含一定的神學價值，稱有利於挽回遠離信仰的年輕人。
「挪亞方舟」也在台灣舉行牧者試映會，有幾位牧者都抱持積極的態度。他們認為，雖然內容與聖經有偏離，但可以刺激人深入思考信仰，倘若有牧者從旁引導，觀看也未嘗不可。
對於「挪亞方舟」伴隨的爭議，也有一些人認為好萊塢基督教影片大熱在某種程度反映出人生價值的風向標，表明愈來愈多的人思索人生價值，因此更多信仰題材影片湧現不見得一定是件壞事。
