不少信仰传统的牧者批评"挪亚方舟"的剧本创作过于"颠覆性"，与圣经无法相提并论。他们还指好莱坞的基督教热背后的动机不言而喻，只是以圣经为嘘头从基督徒的口袋捞金。
面对批评，"挪亚方舟"的圣经顾问斯诺顿曾为影片辩护说，虽然影片和原著有些差距，但并非一无是处，他还表示制作方认真听取自己的建议，使影片包含一定的神学价值，称有利于挽回远离信仰的年轻人。
"挪亚方舟"也在台湾举行牧者试映会，有几位牧者都抱持积极的态度。他们认为，虽然内容与圣经有偏离，但可以刺激人深入思考信仰，倘若有牧者从旁引导，观看也未尝不可。
对于"挪亚方舟"伴随的争议，也有一些人认为好莱坞基督教影片大热在某种程度反映出人生价值的风向标，表明愈来愈多的人思索人生价值，因此更多信仰题材影片涌现不见得一定是件坏事。
