在梵蒂岡年終牧函裡，教宗提及了人類性別的立場。他説：「誰是男人，誰是女人，並不是由人來決定的。」他表示非異性戀的行為是「神工作的破壞」，又説人類需要明白天主創造的秩序，正當地分清男和女的角色。
他表示教會的任務是保護人類離開「自我毁滅之道」。
雖然言語間並未提及「同性戀」或「變性人」的字眼，但是明顯重申了天主教對這類人羣的反對立場。
他又表示，混亂男女角色將帶來混亂及負面結果，又將之比喻為自然生態的破壞，呼籲人類發展「人類生態學」：「熱帶雨林值得我們保護，人類，作為受造物，並不比它更不值得(受保護)。」
教宗的牧函引發了同性戀倡議團體的激憤。梵蒂岡發言人其後發表聲明説，教宗無意冒犯或攻擊變性人，他的意思只是在天主眼中，人類天生或是男或是女，這法則不可違反，否則會帶來混亂。
