在梵蒂冈年终牧函里，教宗提及了人类性别的立场。他说："谁是男人，谁是女人，并不是由人来决定的。"他表示非异性恋的行为是"神工作的破坏"，又说人类需要明白天主创造的秩序，正当地分清男和女的角色。
他表示教会的任务是保护人类离开"自我毁灭之道"。
虽然言语间并未提及"同性恋"或"变性人"的字眼，但是明显重申了天主教对这类人群的反对立场。
他又表示，混乱男女角色将带来混乱及负面结果，又将之比喻为自然生态的破坏，呼吁人类发展"人类生态学"："热带雨林值得我们保护，人类，作为受造物，并不比它更不值得(受保护)。"
教宗的牧函引发了同性恋倡议团体的激愤。梵蒂冈发言人其后发表声明说，教宗无意冒犯或攻击变性人，他的意思只是在天主眼中，人类天生或是男或是女，这法则不可违反，否则会带来混乱。
