一些穆斯林份子仍对教宗表示不满。继盖达组织激进份子誓言对教宗及西方发动战争后的极端言论后，伊朗最高领袖哈梅内伊再指教宗的言论为对穆斯林的十字军圣战。巴勒斯坦的哈马斯发人亦表示不承认教宗的道歉。
在澳洲，天主教的区佩尔大主教在对教宗言论表示支持，并指伊斯兰教徒拒绝以理性讨论回应批评时，亦引来当地穆斯林抗议。
另一方面，一些回教国家态度转趋温和，此前曾要求教宗全面道歉的马来西亚政府，其总理阿卜杜拉表示教宗的道歉己"可以接受"。
伊朗总统内贾德表示明白教宗已修正了他的言论，他仍然对教宗表示尊重。
国际社会及宗教团体努力调解教宗与回教国家因此事而生的矛盾。欧盟执委会呼吁不要将教宗的言论断章取义地理解，法国总统席哈克亦呼吁展开更多外交对话。
梵蒂冈亦打算通过外交途径化解此次矛盾。周一与教宗在罗马见面的国务卿贝尔托内向意大利媒体透露，梵蒂冈将派特使到回教国家，澄清其言论的本意。此外在罗马的枢机主教普帕尔亦将会见当地回教领袖沙列姆。
