伯特利神學院的課程分別接受不同評審機構評審及認證，其道學碩士及神學學士的牧職課程取得「東南亞神學教協會」的認證，而婚姻及家庭治療碩士課程則已獲「香港專業輔導協會」的證認，亦得到美國「婚姻及家庭治療協會」接受作為會員的入門要求。
2013年10月31日，伯特利再成為TRACS的會員。該協會是經美國教育部及「高等教育認證協會及高等教育品質保證國際聯盟」(IHQAAHE)認可的認證機構。伯特利獲認證的課程包括所有證書、文憑、學士、碩士及博士課程。伯特利預計五年內可得到最終認證。
伯特利神學院院長陸輝博士表示，學院朝著提供優質神學教育方向努力。學院在提供優質神學教育方面有三大焦點：第一是努力，期望學院努力辦學之餘同學亦要盡力學習。第二是在努力至上追求卓越，固學院重視學術要求和符合學術準則。第三是生命的建立，在知識培訓外著重生命的培訓，以「心」主導技術與恩賜。
