《达文西密码》提到主业会为了找寻圣杯而四处追杀人的情节，和现实生活当中的主业会不符。美国主业会要求，电影公司必须澄清电影情节是虚构。主业会人员芬那提说，我们要电影公司声明，它并没有真实呈现历史原貌。主业会的成员表示，自己的工作是非常神圣的，"真正的主业会是一群平凡人为了接近上帝而在生活中励行修行。"
罗马市中心海报要求被拆除
此外，意大利罗马市中心一张《达文西密码》的巨幅宣传海报，也在教会人员的抗议下要求被拆除。这座历史悠久的"圣潘塔里奥"教堂隶属内政部管理，最近在进行整修，而《达文西密码》这幅巨大的广告悬挂在整修工程鹰架上。罗马教区礼仪主事怒斥片商，要求电影发行商尊重用作祈祷的地方，立即撤销广告。
罗马教区高层表示，《达文西密码》号称揭开耶稣生子，后代繁衍至今之秘密，又指控教会隐瞒真相，说天主教会主持人类史上最大的遮羞案。教会高层表示，教堂是神圣之地，应受到尊重。
较早前在罗马举行耶稣受难节仪式时，有梵蒂冈讲道师公开抨击《达文西密码》小说和电影版，也批评传媒大肆报导的《犹大福音》。他指出，近年有很多人都出新理论，对流传已久的圣经内容发出挑战。有说耶稣没有被钉十字架，也没有死去；又有一种说法指耶稣其实是结过婚的。而本笃教宗16世则呼吁信徒，当面对世界邪恶势力的攻击时，不能再保持中立。
