针对新冠变种病毒对学校及堂会影响，港澳两地教会区会公布应变措施。循道卫理联合教会暂停属下堂会使用学校场地举行现场崇拜；中华基督教会香港区会为停课学生及家长祈祷；浸信会联会延长暂停实体聚会。天主教澳门教区呼吁持黄或红色健康码教友可获免参与弥撒。
香港教育局本月先后发出通告，全港小学、幼稚园及暨幼儿中心、中学暂停面授课堂直至学校农历新年假期，并且实施"疫苗气泡"，由2月24日起教职员及访客均需出示至少已接种第一剂疫苗的记录，才可进入学校。
循道卫理联合教会总议会1月21日发出特别通告，鉴于政府相继宣布全港小学、幼稚园暂停面授上课，中学亦于1月24日开始停课至农历新年，该会决定由1月24日起暂停属下堂会使用中学、小学及幼稚园场地举行之现场崇拜，并鼓励受影响之弟兄姊妹参加网上崇拜，或前往其他堂会参与现场崇拜，惟需先了解及遵守各堂因应个别情况而作出之特别崇拜及防疫安排。
中华基督教会香港区会于1月25日于网站贴文称，因著疫情严峻，教育局宣布全港小学及幼稚园学生自1月14日起至农历新年假后，全部停止面授课堂，并考虑待农历年后复课后，或会安排接种疫苗队伍到每间学校，为5-11岁学童接种科兴疫苗。
故此呼吁为全港小学及幼稚园学生祷告，求恩主看顾，保守孩子们远离病毒，停课期间帮助家长们各项照顾的安排，让孩子们得著保护，平安、健康度过每一天。
香港浸信会联会1月20日更新建议防疫应变通告，指出变种新型冠状病毒 Omicon 扩散情况及确诊数字越趋严峻，政府于1月19日公布将刊宪延续现行社交距离措施的有效期14天，由1月21日起生效，直至2月3日为止。
联会建议各成员教会考虑以相应措施共同抗疫，如继续暂停实体聚会并改为线上进行，直至疫情稍为缓和，并愿耶和华赐福保护众人。
澳门方面，天主教澳门教区1月20日公告，奉李斌生主教谕，圣堂场所二维码及健康码由即日起，凡没法使用场所二维码，或持黄色 ／红色健康码的教友均获宽免参与弥撒之本份；通告由教区主教公署秘书长刘伟杰司铎发出。
截至今天（25日）中午12时，香港确诊新冠肺炎病例13,034宗、213人死亡；澳门确诊新冠肺炎病例79宗、死亡人数为0。
