香港基督教协进会早前接受政府的委任，负责提名七位基督教人士出任新一届的选举委员会基督教界别委员。因此，协进会主办教内普选，希望以公开投票的民主方式，让教友自行选出他们心目中能代表基督教界的公仆。
协进会重申一贯支持双普选的立场，对特区政府选举委员会的安排及组成方法有极大的保留，不过今次愿意接受特区政府的委任，与政府合作尽早实现全民直选的目标。
根据香港《大公报》讯，有比较激进的香港基督徒学会于27日发出题为"对选举委员会基督教教内普选意见书"的声明，强烈批评协进会主办的教内普选，并指责协进会"愿意接受特区政府的委任"、但"支持双普选"及"对特区政府选举委员会的安排及组成方法有极大的保留"的立场是"自相矛盾"。香港基督徒学会甚至提出协进会应放弃所有选委会席位。
相关报道更质疑教内普选制度的技术性问题会影响整体结果的公平性。例如，教内选民毋须登记，所以无法查核选民有否重复投票。另外，在票站方面，有作为票站的堂会同时提名候选人参选，这样可能做成部分候选人的优势。
然而，香港基督教界别普选投票大致未受到不利因素影响。今届一共有二十七名候选人，当中三名来自沙田浸信会、两名来自香港循道卫理联合教会、四名来自中华基督教会香港区会，其他候选人均来自个别堂会。年资方面，不乏年逾60的资深牧者，但也有很多年青的参选者。
于22日的咨询大会上，5位年青的参选者以"12349，要普选特首"的醒目字句为口号，"12349"代表他们的参选编号，"要普选特首"则为他们投选特首原则，要求尽快落实双普选。此外，也有代表青年、信徒、妇女及牧者等群体参选的候选人。
29日投票结束后，点票将立即进行。据悉，香港基督教协进会须于选举委员会界别分组选举的提名期内（即2006年11月1日至11月8日），把七位基督教界别人士的名单提交选举事务处。
