香港基督教協進會早前接受政府的委任，負責提名七位基督教人士出任新一屆的選舉委員會基督教界別委員。因此，協進會主辦教內普選，希望以公開投票的民主方式，讓教友自行選出他們心目中能代表基督教界的公僕。
協進會重申一貫支持雙普選的立場，對特區政府選舉委員會的安排及組成方法有極大的保留，不過今次願意接受特區政府的委任，與政府合作儘早實現全民直選的目標。
根據香港《大公報》訊，有比較激進的香港基督徒學會於27日發出題為「對選舉委員會基督教教內普選意見書」的聲明，強烈批評協進會主辦的教內普選，並指責協進會「願意接受特區政府的委任」、但「支持雙普選」及「對特區政府選舉委員會的安排及組成方法有極大的保留」的立場是「自相矛盾」。香港基督徒學會甚至提出協進會應放棄所有選委會席位。
相關報道更質疑教內普選制度的技術性問題會影響整體結果的公平性。例如，教内選民毋須登記，所以無法查核選民有否重復投票。另外，在票站方面，有作為票站的堂會同時提名候選人參選，這樣可能做成部分候選人的優勢。
然而，香港基督教界別普選投票大致未受到不利因素影響。今屆一共有二十七名候選人，當中三名來自沙田浸信會、兩名來自香港循道衞理聯合教會、四名來自中華基督教會香港區會，其他候選人均來自個別堂會。年資方面，不乏年逾60的資深牧者，但也有很多年青的參選者。
於22日的諮詢大會上，5位年青的參選者以「12349，要普選特首」的醒目字句為口號，「12349」代表他們的參選編號，「要普選特首」則為他們投選特首原則，要求盡快落實雙普選。此外，也有代表青年、信徒、婦女及牧者等羣體參選的候選人。
29日投票結束後，點票將立即進行。據悉，香港基督教協進會須於選舉委員會界別分組選舉的提名期內（即2006年11月1日至11月8日），把七位基督教界別人士的名單提交選舉事務處。
