根據《美聯社》報道，教宗只是靜默地禱告，可是卻強烈地表現了和好的訊息。三個月前，教宗因在一公開場合上批評伊斯蘭教而引起了全世界回教徒的不滿，世界各地的回教徒紛紛上街遊行抗議，甚至做出很多暴力的行爲。
教宗在一座十七世紀時代建造的清真寺裏説：「這次訪問將會幫助我們尋找一條使全世界人類都得到好處的和平之路。」這是歷史上第二次教宗到訪回教徒敬拜的地方。據説，上任教宗若望保祿二世曾在2001年於敍利亞一所清真寺作短暫逗留。
根據報道，教宗本篤十六世進入清真寺以後，根據傳統脱掉了鞋子，並穿上了白色的拖鞋。接著，他走向伊斯坦堡的伊斯蘭教領袖Mustafa Cagrici，兩人面對回教聖地麥加，Cagrici帶領禱告，教宗也跟著低頭默禱。教宗臨別前，感謝Cagrici的禱告。他們雙方互相交換紀念品的時候，教宗用意大利語説「讓我們為友愛及全人類禱告」。
梵蒂岡發言人Federico Lombardi神父指出，教宗到訪清真寺是代表著「對回教徒的尊重」。他補充，一位基督徒可以在任何的地方禱告，甚至是一所清真寺裏面，這是一個「個人而親密的禱告」。
自從教宗週二到達土耳其後，他在多個場合上講了有關和解的訊息，包括要求外界對土耳其成爲首個進入歐盟的伊斯蘭教國家增加更多瞭解及支持。
另外，教宗更多次呼籲土耳其給予當地的少數宗教人士更多信仰自由，特別是當地的基督徒，並指責有傳基督徒分裂的事件是「誹謗」。
教宗本篤十六世致力推動合一運動，他已經開展了東正教的對話，希望修補十個世紀以前的破裂，他已經決心要使兩個古老基督教支派能夠重新完全地聯合起來。
