根据《美联社》报道，教宗只是静默地祷告，可是却强烈地表现了和好的讯息。三个月前，教宗因在一公开场合上批评伊斯兰教而引起了全世界回教徒的不满，世界各地的回教徒纷纷上街游行抗议，甚至做出很多暴力的行爲。
教宗在一座十七世纪时代建造的清真寺里说："这次访问将会帮助我们寻找一条使全世界人类都得到好处的和平之路。"这是历史上第二次教宗到访回教徒敬拜的地方。据説，上任教宗若望保禄二世曾在2001年于敍利亚一所清真寺作短暂逗留。
根据报道，教宗本笃十六世进入清真寺以后，根据传统脱掉了鞋子，并穿上了白色的拖鞋。接著，他走向伊斯坦堡的伊斯兰教领袖Mustafa Cagrici，两人面对回教圣地麦加，Cagrici带领祷告，教宗也跟著低头默祷。教宗临别前，感谢Cagrici的祷告。他们双方互相交换纪念品的时候，教宗用意大利语说"让我们为友爱及全人类祷告"。
梵蒂冈发言人Federico Lombardi神父指出，教宗到访清真寺是代表著"对回教徒的尊重"。他补充，一位基督徒可以在任何的地方祷告，甚至是一所清真寺里面，这是一个"个人而亲密的祷告"。
自从教宗周二到达土耳其后，他在多个场合上讲了有关和解的讯息，包括要求外界对土耳其成爲首个进入欧盟的伊斯兰教国家增加更多了解及支持。
另外，教宗更多次呼吁土耳其给予当地的少数宗教人士更多信仰自由，特别是当地的基督徒，并指责有传基督徒分裂的事件是"诽谤"。
教宗本笃十六世致力推动合一运动，他已经开展了东正教的对话，希望修补十个世纪以前的破裂，他已经决心要使两个古老基督教支派能够重新完全地联合起来。
