台灣基督教媒體對此次兩岸教牧聚首做了正面報導，稱其為兩岸教界的「盛會」。新生命小組教會臉書也及時更新論壇進展，圖文記錄「歷史上的一刻」。
而另一方面，「兩岸基督教論壇」（「論壇」）自始至終都處在質疑聲中。
當地時間8月30日上午，台灣長老教會與中國家庭教會代表召開新聞發佈會，批評中國三自教會藉「兩岸交流」之名，實為在台灣實行「統戰」。
郭寶勝牧師在發佈會上代表中國家庭教會發言，他指出，此次「論壇」沒有中國家庭教會代表，是中共當局實施對台灣宗教統戰的重頭戲，更是「從宗教統一達到政治統一」的戰略工具。
於迦勒牧師代表「中國福音會」發言，他呼籲中國政府承認中國家庭教會存在的事實，尊重基督教信仰的正統性，還家庭教會與信徒自由與合法地位。他還呼籲出席「論壇」的台灣教牧在與中國「三自教會」往來方面適可而止。
台灣基督長老教會部份牧長收到「論壇」邀請函時，難以決定是否要參與。
7月9日，台灣基督長老教會總會議長竟a豐和總幹事林芳仲公開發佈「台灣基督長老教會對兩岸基督教論壇之牧函」（「牧函」），重申台灣基督長老教會對中國教會的理解為：除了同為普世教協會員教會的中國基督教協會外，也不能漠視家庭教會的存在事實；中國基督教兩會（中國基督教協會與三自愛國運動委員會）自稱為『接受共產黨領導，熱愛社會主義祖國』，是『愛國愛教的團體』，而家庭教會則有不同的屬性。
「牧函」提醒：中國基督教兩會仍具有濃厚的統戰意識，目前並不適宜私自與之接觸，我教會不宜參加「兩岸基督教論壇」。
在論壇27日議程結束之後，對華援助協會（ChinaAid）也發文抨擊，認為此次「論壇」並不具代表性。
中國三自愛國運動委員會主席傅先偉在論壇開始説，他代表大陸2千萬基督徒向台灣基督徒問好。對華援助協會指出，2千萬這個數字只是中國三自教會信徒的數量，而將近4、5千萬家庭教會信徒完全被無視，被拋在「論壇」之外。
對華援助協會亦提出，參與「論壇」的台灣教牧人員只是台灣教界的一小部份，不具有廣泛代表性。
