性别认同争议蔓延到考古学界，激进分子试图推动在古代人类遗骸上省略性别识别；支持者认为现代人无从知道古代族群的性别观念，考古学家却指将人类遗骸分为男或女，有助消除社会对女性有害的刻板印象。
支持者：不同族群和时代对性别有不同观念
一个名为Trans Doe Task Force的组织认为身份不明人士无法被确认性别，应该定为跨性别者，试图挑战现时法医将人类遗骸识别性别的标准。
支持者包括加拿大硕士学位候选人艾玛（Emma Palladino），认为考古学家将遗骸定性别是强行的做法。她反对考古学家将遗骸界定为男或女，因为不同族群、不同时代对性别有不同的观念。虽然生物考古学家可能会将一组遗骸识别为"可能是女性"，但据了解，个体的性别不一定与他们的性别相同。
当生物考古学家认为这个遗骸是男或女的时候，我们无从稽考遗骸主人生前对性别的选择，换句话说遗骸主人若是生理男，但不一定认同自己是男性。
艾玛指："如果我们对特定文化中的性别规范，加上身份有一个很好的了解，我们反而可以对性别做出特定文化的推论。"
反对者：鉴定性别助考究古代社会男女地位
但有考古学家拒绝将遗骸性别认同化，圣何塞州立考古学教授卫诗（Elizabeth Weiss）表示，省略性别分类只不过是"出于意识形态动机的捏造"，越来越多人呼吁个人识别为跨性别是一种社会而非生物学的趋势。
从考古学角度出发，将人类遗骸分为男或女有助消除社会对女性有害的刻板印象，早期人类学家有时将一些强壮的女性骨骼误认为是男性骨骼，特别是在阿留申人（Aleut）和因纽特人（Inuit）的收藏中；这强化了女性不像男性那样勤奋的错误刻板印象。
"随著时间的推移，生物人类学家和考古学家努力确定哪些特征是由性别决定的，无论时间和文化如何。这项抹去这一进步的新政策是科学和女性的倒退。"
她总结道："对骨骼遗骸进行性别鉴定是法医中的一项关键技能，任何削弱这项技能都会对刑事调查产生负面影响，剥夺受害者及其家人的正义。"
