事件招來各方批評聲音，除信徒外，有其他地方的三自兩會亦發聲明聲援三江教堂，連金陵神學院常務副院長陳逸魯亦撰文批評政府做法。
金陵神學院常務副院長陳逸魯：對人權的粗暴踐踏
金陵神學院常務副院長陳逸魯發文批評浙江政府「急於求成、強硬解決的手段不符合現代管理的原則和智慧，勢必造成內傷」，又指做法「有損黨政形象，有損黨羣感情，有損社會穩定，得不償失，是個失敗的施政例子」。
他又批評政府一意孤行，事前未與宗教事務部門、宗教羣體及統戰部等溝通協商，手法粗暴強硬，更「顯出決策者的幼稚和自以為是」。
他亦批浙江政府軟硬兼施威脅教堂負責人及守候教堂人士的家人無異於「誅九族」，違反現代法律精神，是「對人權的粗暴踐踏」，又寫道：「他們是想解決違建的問題，他們卻已經違規和違法了。他們的做法除了給人感到粗暴和強硬之外，毫無現代管理智慧可言。」
他更指三江教堂事件「是建國以來，使政府和信教羣眾處於對立狀態的最嚴重的事件之一」，又指令當地基督教兩會失去溝通政府和團結信徒的職能，其政治損失和對基督教兩會損失都無法估量。
鹿城區基督教兩會：嚴重傷害信仰感情
鹿城區基督教兩會在強拆前一日發表倡議書，指因「政府強拆三江教堂十字架事件，使我們的信仰感情受到嚴重的傷害，兩會形像、名譽等受到損害」，他們將「全體常委做出集體辭職的無奈選擇」，態度堅決。
温州鳳卧基督教會：使政教關係陷入僵局
温州平陽水頭牧區鳳卧基督教會在28日亦發表關於「強拆十字架事件」的聲明，指三江教堂事件「震驚中國乃至全球各地，極大傷害基督徒羣眾的信仰感情」，又批評政府強拆事件不斷升級「激化矛盾，使政教關係陷入僵局」。
鳳卧基督教會更聲明若強拆十字架事件繼續升級，政府相關部門和基督教兩會無任何改善作為，他們將決議「退出三自，彈劾兩會，訴諸法律」。又稱「只要有任何教堂或十字架將被強拆，我會願意盡力馳援」
