據《星島日報》報導，6月1日，印尼日惹特區一羣回教居民連同兩個回教組織用石頭亂砸教堂，導致玻璃窗損壞。軍警無力阻止。這是該教堂自興建以來第三次遭到攻擊。
事發時，基督教堂的崇拜剛結束，信徒都離開了教堂。隨後，一羣回教徒闖入該教堂，用亂石打砸，肆意破壞，而軍警保護無力。
《聯合早報》消息説，一名參與攻擊行動的回教徒聲稱攻擊教堂的理由「無關宗教信仰」，只因教堂沒有建築野i證。
雖然當局證實沒有向受損教堂發出建築许可證，但基督徒認為這不該是攻擊教堂的藉口，而且也批評當局對基督徒及教堂保護不作為。
另外，5月29日，日惹當地一所基督徒民宅裏聚會也遭到回教徒攻擊。屋主、一名8歲男童和幾名婦女被一羣穿著長袍的男子毆打，當時有兩名警員目睹案發經過，但僅抓獲一名涉案男子。
另據《亞洲新聞》報導，西爪哇基督教會也受到回教極端勢力的騷擾，當局不僅未能履行保護宗教信仰自由的政策，反而以建築手續不合格為由下令關閉當地七座教堂。
印尼教會建堂需向當局申請许可的手續十分複雜，甚至可能要等上五至十年，還需徵得當地居民的同意以及同宗教對話小組展開對話。而且教堂施工常因「不明原因」，被地方當局勒令停工。
