天主教亚洲新闻4月28日发表评论文章，称梵蒂冈已经"明确表达了不太支持马神父的立场，认爲此人亲近爱国会的权利机构，牧灵经验不足。……梵蒂冈甚至提出了至少推迟举行祝圣仪式的要求，从而展开更加冷静的对话，就另择他人达成共识。但是，爱国会却无动于衷。"
亚洲新闻表示，北京政府与梵蒂冈两年前曾经达成协议，由罗马指定主教人选，北京通过，并以这种方法先后祝圣了上海、西安、万州教区的辅理主教，以及苏州教区的主教。但被搁置的爱国会"不再甘心接受这种局面，并决定不惜一切代价祝圣马英林为云南省首府昆明教区主教"。
"中国爱国会正在埋下一枚具有重大杀伤力的炸弹，将中梵之间刚刚传出的对话信心推向危机。"
该篇文章同时指出，多名中国官方教会主教对此任命明确表示了反对意见，并拒绝出席礼仪。
中梵建交进程日前似乎绽露曙光，包括中国社会科学院中梵问题专家和香港陈日君枢机在内等多人均对媒体表示，建交两大障碍：台湾问题和主教任命问题都已基本解决。其中主教任命问题的解决方式便是"中国政府将根据非正式机制，提名梵蒂冈属意的神职人员出任主教"。不过，陈日君枢机4月29日上午发到昆明教区办公室要求停止祝圣的传真并未得到理会，祝圣仪式依然于30日上午如期举行。
同时，中国外交部发表声明，要求梵蒂冈尊重中国教会和教徒意愿，以及为改善中梵关系创造良好气氛。外交部发言人表示内地教会主教的遴选是严格按照民主程序进行的，充分尊重了绝大多数神长教友的意愿，主教人选也得到一致好评，梵蒂冈对中方的指责是毫无道理的。
他又重申，中方有诚意改善中梵关系。
中国天主教爱国会副主席刘柏年则说，相信委任昆明主教马英林不会损害中梵建交，因爲过往委任上海及西安主教时，梵蒂冈也没有异议。他又表示各国只会在宗教上谋求共融，不会在政治上谋求共融，他希望能藉宗教构建和谐社会，但不希望外国干涉中国内政。
